一、呼和浩特市档案馆设7个内设机构：

（一）办公室。承担档案馆的日常运转和综合协调。承担机要交换、档案管理、财务、督查督办等工作；承担档案馆的组织、人事、劳资、机构编制、人员考核等工作；承担档案馆政府采购、资产管理、后勤服务保障和安全保卫工作；落实档案馆各项安全防范措施。

（二）法制宣教科。承担档案行政执法、查处档案违法行为、监督档案执法行为相关行政辅助性工作；承担档案统计、干部培训和专业教育辅助性工作；宣传和爱国主义教育基地建设管理工作。

（三）档案业务指导科。承担对全市各级各类档案馆，市直机关、团体、企事业单位、新经济组织和农村、社区、民生等重要领域档案业务指导相关行政辅助性工作；推进全市各行业主管部门完善档案业务规范、开展专业档案制度体系建设；承担对重点工程项目、重大科技成果档案指导验收。

（四）收集整理科。制定档案接收和征集计划并组织实施；对接收范围单位的档案业务工作进行指导；征集各时期各方面及重大项目、重要事件人物的档案资料；承担馆藏档案资料的整理、鉴定、划控工作；负责涉密档案解密相关工作。

（五）档案信息技术科。承担档案信息化规划的拟定与组织实施辅助性工作；开展电子档案的指导、接收、存储工作；承担呼和浩特市数字档案馆的业务指导和馆藏信息资源的数字化扫描和数据库日常管理工作；承担电子政务联络协调相关工作；开展档案科学研究和科技成果的转化和应用；负责多媒体档案的数字化；负责破损档案托裱修复。

（六）保管利用科。负责馆藏档案资料和现行文件的保管、利用工作；负责档案库房安全管理工作；负责馆藏档案异地异质备份的接收、移交和保管工作。

（七）资源开发科。开展档案史料的研究、编纂、出版工作；承担对旗县区档案编研指导工作；编写档案馆指南等参考资料；负责档案展览。

党支部。承担呼和浩特市档案馆的党群工作。

离退休人员工作科。承担呼和浩特市档案馆的离退休干部管理和服务工作。

二、呼和浩特市档案馆下设2个相当正科级专业分馆。

（一）呼和浩特市城建档案馆。承担我市土地、城市规划、市政工程、公用工程、交通运输设施工程、民用建筑工程、城市防洪、人防设施、不动产登记、土地确权、“山、水、林、田、湖、草”自然资源确权等专业档案的收集、保管和利用工作；承担组织城市建设类档案工作人员的培训；承担开展城市建设类档案的查询利用服务工作。

（二）呼和浩特市艺术档案馆。承担我市各类文化艺术档案的收集、保管、编研、开发利用等工作；承担组织艺术档案工作人员的培训；承担开展艺术类档案的查询利用服务工作。