呼和浩特市档案史志馆设9个内设机构：

     （一）办公室。负责全馆日常运转和综合协调工作，承担文秘综合、公文运转、机要保密、组织人事、机构编制、工资福利、资产管理、政府采购、财务管理、后勤保障、安全保卫和督查督办工作。

     （二）业务指导科。承担对全市各级各类档案馆，市直机关、团体、企事业单位、新经济组织和农村、社区、民生等重要领域档案业务指导相关行政辅助性工作；推进全市各行业主管部门完善档案业务规范、开展专业档案制度体系建设相关辅助性工作；承担对重点建设工程、重大科学技术研究等项目档案指导验收相关辅助性工作；承担档案行政执法相关辅助性工作。

     （三）收集整理科。制定档案接收和征集计划并组织实施；对接收范围单位的档案业务工作进行指导；征集各时期各方面及重大项目、重要事件人物的档案资料；承担馆藏档案资料的整理、鉴定、划控工作；负责涉密档案解密相关工作。

     （四）信息技术科。承担档案和党史地方志信息化规划的拟订与组织实施辅助性工作，开展电子档案的指导、接收、存储工作；承担呼和浩特市数字档案馆的业务指导和馆藏信息资源的数字化扫描和数据库日常管理工作；承担电子政务联络协调相关工作：开展档案科学研究和科技成果的转化和应用工作；负责多媒体档案的数字化工作；负责破损档案托裱修复工作。

     （五）保管利用科。承担馆藏档案资料和现行文件的保管、利用、统计工作；承担档案库房安全管理工作；承担馆藏档案异地异质备份的接收、移交和保管工作。

     （六）资源开发科。开展档案史料的研究、编纂、出版工作；辅助指导旗县区档案编研工作；编写档案馆指南等参考资料；负责档案展览、爱国主义教育基地建设管理工作。

     （七）党史科。承担全市党史资料征集、整理、编研工作；组织、开展地方党史宣传、教育工作；审核涉及地方党的历史重要文稿、档案、书稿、照片等；参与审核地方重大革命历史题材影视作品、展览及纪念场馆展陈的相关内容等；组织开展全市党史系统学习、交流等工作；指导旗县区党史编研工作。

     （八）地方志科。组织、指导全市地方志（史）书编纂工作；组织、指导、督促旗县区续志编纂工作；组织地方志（史）书评审工作；组织、指导开发利用地方志资源，承担地方志信息化建设工作；收集、整理、保存地方志（史）文献和资料；组织整理旧志。

     （九）地情年鉴料。承担《呼和浩特年鉴》的编纂、出版、发行工作；组织全市年鉴撰稿人员学习、交流等；组织、指导、督促旗县区地方综合年鉴编纂工作，组织审定旗县区地方综合年鉴；向社会公众提供地情信息咨询服务。

        机关党总支。承担呼和浩特市档案史志馆的党群工作。

        离退休人员工作科。承担呼和浩特市档案史志馆的离退休干部管理和服务工作。

         呼和浩特市档案史志馆下设2个相当于正科级专业分馆。

     （一）呼和浩特市城建档案馆。主要职责是：承担呼和浩特市土地、城市规划、市政工程、公用工程、交通运输设施工程、民用建筑工程、城市防洪、人防设施、不动产登记、土地确权、“山、水、林、田、湖、草、沙”自然资源确权等专业档案的收集、保管和利用工作；承担城市建设类档案工作人员能力提升工作；承担城市建设类档案的查询利用服务工作。

     （二）呼和浩特市艺术档案馆。主要职责是：承担呼和浩特市各类文化艺术档案的收集、保管、编研、开发利用等工作；承担艺术类档案工作人员能力提升工作；承担开展艺术类档案的查询利用服务工作。